Годы назад профессор Чарльз "Икс" Завье познакомился с самым удивительным ребёнком и мутантом с огромным потенциалом Джин Грэй, попавшей в его школу для детей и подростков со сверхчеловеческими способностями после того, как эпизод неконтролируемого выхода силы стал причиной трагической гибели родителей девочки. Чарльз нашёл способ перебороть телепатический дар Джин и заблокировать её воспоминания о пережитом кошмаре, чтобы это не мешало ей расти и развиваться без ноши вины.
Прошло десять лет после стычки Людей Икс с разрушительным мутантом Апокалипсисом. Команда стала национальными героями и теперь они регулярно вылетают на всевозможные спасательные операции. В ходе одной из таких вылазок в открытый космос они подвергаются воздействию мощной солнечной вспышки. Невиданная энергия звезды наносит непоправимый урон по давней блокировке подсознания Джин и все её воспоминания вырываются на свободу вместе с дремавшими там же силами и имя им Тёмный Феникс.
Людям Икс предстоит быстро осознать, что Тёмный Феникс имеет мало общего с их родной Джин Грэй и представляет смертельную опасность как самой команде, так и всему человечеству. Тёмный Феникс несёт в себе силы, которыми ещё не доводилось распоряжаться ни одному земному мутанту и она горит желанием использовать их против всех смертных. Команде Людей Икс необходимо принять быстрое, судьбоносное решение и выбрать, кто по их мнению важнее: Тёмный Феникс, где-то внутри которой заперта старая добрая Джин, или население целой планеты, которое они считают своим долгом защищать от любых угроз.
