Могущественная корпорация Абстерго, являющаяся инструментом по контролю над миром для тайного ордена тамплиеров, разрабатывает инновационную технологию, позволяющую пробуждать генетическую память и отправлять носителя информации в прошлое. Они захватывают Каллума Линча, чтобы использовать его генетическую память и отправить мужчину на пять веков в прошлое, когда его предок, Агилар де Нерх, состоял в ордене лучших наёмных убийц Испании.
С помощью Линча и Кредо убийцы тамплиеры намерены выяснить местонахождение бесценного артефакта - яблока Эдема. В прошлом Каллум переживает важный отрезок жизни своего предка, а также набирается невероятных знаний и опыта, чтобы вернуться в настоящее и продолжить дело предка. Следуя Кредо убийцы он восстаёт против тамплиеров и намерен разрушить их планы по мировому господству.
